Historia Oddziału Krakowskiego PTB sięga 1912 roku, kiedy to prof. Marian Raciborski po objęciu Katedry Botaniki na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego zainicjował cykliczne konwersatoria naukowe, które przetrwały nawet I wojnę światową. W 1918 roku opiekę nad spotkaniami przejął prof. Władysław Szafer i pełnił ją aż do 1965 roku. Inicjatywa zebrań naukowych krakowskich botaników została sformalizowana na mocy Statutu Polskiego Towarzystwa Botanicznego w 1922 roku.
Tradycyjnie zebrania Oddziału odbywają się w czwartki o godzinie 17.00 w sali im. Prof. Bogumiła Pawłowskiego w starym budynku Instytutu Botaniki PAN w Krakowie.
Rocznie wygłaszanych jest około 25 referatów naukowych i popularnonaukowych. Dotyczą one najnowszych osiągnięć i wyników badań polskich i zagranicznych badaczy roślin naczyniowych, mszaków, glonów, porostów, grzybów oraz flor współczesnych i kopalnych.
Obecnie Oddział liczy około 120 członków, w tym 100 członków zwyczajnych.
Skład osobowy Zarządu Oddziału
Przewodniczący
prof. dr hab. Konrad Wołowski
Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk
Wiceprzewodniczący
dr hab. Beata Barabasz-Krasny, prof. UP
Uniwersytet Pedagogiczny im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie
Sekretarz
mgr Katarzyna Kozielec
Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk
Skarbnik
prof. dr hab. Piotr Köhler
Uniwersytet Jagielloński w Krakowie
Członek
dr Katarzyna Możdźeń
Uniwersytet Pedagogiczny im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie
Skład osobowy Komisji Rewizyjnej Oddziału
Przewodniczący
prof. dr hab. Bogdan Zemanek
Uniwersytet Jagielloński w Krakowie
Zastępca przewodniczącego
dr Urszula Korzeniak
Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk
Sekretarz
dr Urszula Korzeniak
Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk