Medal ten jest przyznawany autorom wybitnych prac naukowych, mających charakter regionalnych monografii geobotanicznych. Zasady przyznawania Medalu im. Prof. Z. Czubińskiego – patrz Regulamin Medalu.
Laureaci Medalu im. Prof. Z. Czubińskiego
- zespół w składzie: prof. Władysław Matuszkiewicz, prof. Janusz B. Faliński, prof. Andrzej S. Kostrowicki, prof. Jan M. Matuszkiewicz, prof. Romuald Olaczek, prof. Teofil Wojterski za dzieło pt. Potencjalna roślinność naturalna Polski. Mapa przeglądowa 1:300 000 (2001 r.)
- zespół w składzie: prof. Magdalena Ralska-Jasiewiczowa, prof. Tomasz Goslar, prof. Teresa Madeyska, prof. Leszek Starkel za dzieło pt. Lake Gościąż, central Poland. A monographic study. Part 1 (2001 r.)
- Instytut Dendrologii PAN w Kórniku za serię pt. Atlas rozmieszczenia drzew i krzewów w Polsce pod red. Stefana Białoboka, Zygmunta Czubińskiego i Kazimierza Browicza (2001 r.)
- prof. Jacek Herbich za dzieło pt. Przestrzenno-dynamiczne zróżnicowanie dolin w krajobrazie młodoglacjalnym na przykładzie Pojezierza Kaszubskiego (2001 r.)
- prof. Bogdan Jackowiak za dzieło pt. Struktura przestrzenna flory dużego miasta. Studium metodyczno-problemowe (2001 r.)
- prof. Barbara Sudnik-Wójcikowska za dzieło pt. Czasowe i przestrzenne aspekty procesu synantropizacji na przykładzie wybranych miast Europy Środkowej (2001 r.)
- prof. Zdzisława Wójcik za dzieło pt. Zbiorowiska segetalne Pojezierza Suwalskiego oraz za całość dorobku naukowego (2001 r.)
- dr Hanna Piotrowska za monografię pt. Zróżnicowanie i dynamika nadmorskich lasów i zarośli w Polsce wydaną w 2003 r. przez Wydawnictwo Naukowe Bogucki w Poznaniu (2004 r.)
- prof. dr hab. Stanisław Cieśliński za pracę pt. Atlas rozmieszczenia porostów (Lichenes) w Polsce północno-wschodniej opublikowaną w 2003 r. w Phytocoenosis – Supplementum Cartographiae Geobotanicae (2004 r.)
- dr hab. Agnieszka Popiela za dzieło pt. Phytogeographic aspects of the occurrence of forest vascular plant species in Pomerania (northwest Poland) opublikowane w 2004 roku w serii wydawniczej Botanische Jahrbücher für Systematik (2007 r.)
- dr hab. Barbara Tokarska-Guzik za dzieło pt. The establishment and spread of alien plant species (kenophytes) in the flora of Poland wydane w 2005 roku przez Wydawnictwo Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach (2007 r.)
- dr Adam Stebel za dzieło pt. The mosses of the Beskidy Zachodnie as a paradigm of biological and environmental changes in the flora of the Polish Western Carpathians wydane przez Wydawnictwo Sorus w Poznaniu (2007 r.)
- dr hab. Andrzej Brzeg za dzieło pt. Zespoły kserotermofilnych ziołorośli okrajkowych z klasy Trifolio-Geranietea sanguinei Th. Müller 1962 w Polsce wydane przez Bogucki Wydawnictwo Naukowe w Poznaniu (2007 r.)
- dr hab. Władysław Danielewicz za dzieło pt. Ekologiczne uwarunkowania zasięgów drzew i krzewów na aluwialnych obszarach doliny Odry wydaną w 2008 r. przez Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu (2010 r.)
- dr hab. Janusz Łuszczyński, prof. UJK za dzieło pt. Diversity of Basidiomycetes in various ecosystems of the Góry Świętokrzyskie Mts. opublikowaną w 2007 r. w serii Monographiae Botanicae (2010 r.)
- dr Anna Zalewska za dzieło Ecology of Lichens of the Puszcza Borecka Forest (NE Poland), wydane w 2012 r. przez Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk w Krakowie (2013 r.)
- dr Alicja Barć, dr hab. prof. UAM Andrzej Brzeg, dr hab. Aldona K. Uziębło, prof. dr hab. Stanisław Wika za dzieło The upland mixed fir coniferous forest Abietetum albae Dziubałtowski 1928 in the central part of the Cracow-Częstochowa Upland, wydane w 2015 r. przez Wydawnictwa Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach (2016 r.)
- redaktorzy (prof. dr hab. Adam Zając i prof. dr hab. Maria Zając) oraz autorzy (dr Wacław Bartoszek, Stefan Gawroński, dr hab. Kinga Kostrakiewicz-Gierałt, dr Maciej Kozak, dr hab. prof. UJ Józef Mitka, dr hab. Agnieszka Nobis, dr hab. Marcin Nobis, dr hab. prof. UR Krzysztof Oklejewicz, dr hab. Alina Stachurska-Swakoń, dr Marian Szewczyk, prof. dr hab. Barbara Tokarska-Guzik, prof. dr hab. Krystyna Towpasz, prof. dr hab. Bogdan Zemanek) dzieła pt. Rozmieszczenie kenofitów w Karpatach polskich i na ich przedpolu, wydanego w 2015 r. przez Instytut Botaniki Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie (2016 r.)
- dr hab. Krzysztof Banaś za monografię pt. The principal regulators of vegetation structure in lakes of north-west Poland. A new approach to the assembly of macrophyte communities, wydaną w 2016 r. przez Wydawnictwo Uniwersytetu Gdańskiego (2019 r.)
Skład Kapituły Medalu im. Zygmunta Czubińskiego (od 2019 r.)
- prof. Bogdan Jackowiak (Uniwersytet im. A. Mickiewicza w Poznaniu) – Dziekan
- prof. Zbigniew Celka (Uniwersytet im. A. Mickiewicza w Poznaniu) – Sekretarz
- prof. Władysław Danielewicz (Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu)
- prof. Jan Holeksa (Uniwersytet im. A. Mickiewicza w Poznaniu)
- prof. Czesław Hołdyński (Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie)
- prof. Zygmunt Kącki (Uniwersytet Wrocławski)
- prof. Agnieszka Popiela (Uniwersytet Szczeciński)
