Medal ten jest przyznawany autorom prac z zakresu botaniki, odznaczających się wybitną wartością naukową. Zasady przyznawania Medalu im. Prof. W. Szafera – patrz Regulamin Medalu.
Laureaci Medalu im. Prof. W. Szafera
- prof. dr hab. Alicja Borowska (1989)
- prof. dr hab. Janusz B. Faliński (1989)
- prof. dr hab. Jan Kornaś i prof. dr hab. Anna Medwecka-Kornaś (1989)
- prof. dr hab. Stanisław Lisowski (1992)
- prof. dr hab. Maria Ławrynowicz (1992)
- prof. dr hab. Krystyna Falińska (1995)
- prof. dr hab. Tomasz Majewski (1995)
- prof. dr hab. Alicja Szweykowska i prof. dr hab. Jerzy Szweykowski (1995)
- prof. dr hab. Kazimierz Browicz (1998)
- prof. dr hab. Zygmunt Hejnowicz (1998)
- dr hab. Dariusz Szlachetko (1998)
- prof. dr hab. Magdalena Ralska-Jasiewiczowa (2001)
- prof. dr hab. Adam Zając i prof. dr hab. Maria Zając (2004)
- prof. Zbigniew Mirek (2007)
- prof. Halina Piękoś-Mirkowa (2007)
- prof. Leon Stuchlik (2007)
- prof. Maciej Zenkteler (2007)
- prof. Elżbieta Weryszko-Chmielewska (2010)
- prof. Leokadia Witkowska Żuk (2010)
- prof. Romuald Olaczek (2010)
- prof. Karol Latowski (2010)
- prof. dr hab. Jan Kopcewicz (2013)
- prof. dr hab. Jan Marek Matuszkiewicz (2013)
- prof. dr hab. Przemysław Wojtaszek (2013)
- prof. dr hab. Adam Woźny (2016)
- prof. dr hab. Jan J. Rybczyński (2016)
- zespół naukowy: dr hab. Arkadiusz Nowak, dr hab. Sylwia Nowak i dr hab. Marcin Nobis (2016)
- prof. dr hab. Małgorzata Latałowa (2019)
- prof. dr hab. Anna Mikuła (2019)
Skład Komisji Medalu im. Prof. W. Szafera (od 2020 r.)
- prof. dr hab. Konrad Wołowski (Instytut Botaniki PAN im. W. Szafera w Krakowie) – Przewodniczący
- prof. dr hab. Małgorzata Latałowa (Uniwersytet Gdański) – Sekretarz
- prof. dr hab. Ewa Kurczyńska (Uniwersytet Śląski w Katowicach)
- prof. dr hab. Jan Holeksa (Instytut Dendrologii PAN w Kórniku)
- prof. dr hab. Agnieszka Mostowska (Uniwersytet Warszawski)
