Za wybitne osiągnięcia naukowe w dziedzinie botaniki Polskie Towarzystwo Botaniczne nadaje Medal im. Profesora Władysława Szafera. Za zasługi w upowszechnianiu wiedzy botanicznej i ochrony przyrody jest przyznawany Medal im. Profesora Bolesława Hryniewieckiego. Młodym polskim naukowcom za publikacje o wybitnych walorach naukowych jest przyznawana Nagroda PTB dla młodych pracowników nauki. Od 2001 roku Oddział Poznański PTB nadaje Medal im. Profesora Zygmunta Czubińskiego za wybitne prace naukowe, mające charakter regionalnych monografii geobotanicznych. Szczególnym rodzajem wyróżnienia członków PTB jest nadanie godności członka honorowego.
Regulaminy przyznawania wyróżnień PTB zostały zamieszczone w zakładce Prawo w PTB (zasady nadawania godności członka honorowego reguluje Statut Towarzystwa).
