Specjalistyczne sekcje naukowe Polskiego Towarzystwa Botanicznego są powoływane uchwałą Zarządu Głównego, na pisemny wniosek złożony przez co najmniej 15 członków zwyczajnych i honorowych Towarzystwa. Do kompetencji Sekcji należy realizacja celów Towarzystwa w zakresie dyscypliny naukowej, którą reprezentuje. Członkowie Towarzystwa mogą zadeklarować przynależność do dowolnej liczby Sekcji.
Władzą Sekcji jest Walne Zebranie Członków Sekcji, zaś organem Sekcji jest Zarząd Sekcji, który składa się z 3-5 osób, w tym przewodniczącego, zastępcy przewodniczącego i sekretarza. Kadencja Zarządu Sekcji trwa 3 lata i rozpoczyna się po posiedzeniu Walnego Zgromadzenia Delegatów Towarzystwa.
Sekcja nie prowadzi własnej działalności finansowej. Środki na działalność otrzymuje od Zarządu Głównego, może je także pozyskiwać z innych źródeł określonych w paragrafie 46 ust. 1 statutu, zaakceptowanych przez Prezydium Zarządu Głównego.
