Oddziały Polskiego Towarzystwa Botanicznego są jego jednostkami terenowymi i podlegają władzom Towarzystwa. Są powoływane uchwałą Zarządu Głównego, na pisemny wniosek złożony przez co najmniej 15 członków zwyczajnych i honorowych Towarzystwa. Podlegają legalizacji przez właściwe terenowe organy administracji państwowej. Nie mogą uzyskiwać osobowości prawnej.
Władzą Oddziału jest Walne Zebranie Członków Oddziału, a jego organami są: Zarząd Oddziału (składający się z 4-9 członków, w tym: przewodniczącego, zastępcy przewodniczącego, sekretarza i skarbnika) oraz Komisja Rewizyjna Oddziału (która kontroluje całokształt działalności Oddziału). Kadencja organów Oddziału trwa 3 lata i winna rozpoczynać się po posiedzeniu Walnego Zgromadzenia Delegatów Towarzystwa.
Materialną podstawą działalności Oddziału są składki członkowskie, fundusze przekazywane przez Zarząd Główny, a także środki pochodzące z innych źródeł określonych w paragrafie 46 ust. 1 statutu, zaakceptowane przez Prezydium Zarządu Głównego.
Do zakresu działania Zarządu Oddziału należy:
- realizowanie statutowych celów Towarzystwa,
- realizowanie uchwał Walnego Zebrania Członków Oddziału oraz uchwał i wytycznych naczelnych władz i organów Towarzystwa,
- opracowywanie planów działalności Oddziału i sprawozdań składanych do Zarządu Głównego,
- prowadzenie działalności finansowej w ramach upoważnień i wytycznych udzielonych przez Zarząd Główny,
- zwoływanie Walnych Zebrań Członków Oddziału i składanie na nich sprawozdań ze swej działalności.
