Najwyższą władzę Polskiego Towarzystwa Botanicznego stanowi Walne Zgromadzenie Delegatów, zwoływane co najmniej raz na 3 lata. Pomiędzy obradami tego gremium, władzę sprawuje Zarząd Główny PTB. Organem nadzoru jest Główna Komisja Rewizyjna.
Organizacja działa w piętnastu oddziałach regionalnych i piętnastu sekcjach specjalistycznych.
Kadencja władz Towarzystwa trwa 3 lata.
