1992
- W dniach 1–5.10.1992 w Kielcach odbył się 49. Zjazd PTB pod hasłem „Roślina a człowiek”
- We współpracy z Komitetem Botaniki PAN powołano Komisję ds. Terminologii i Nomenklatury Botanicznej
- Biuletyn Ogrodów Botanicznych, Muzeów i Zbiorów został pod raz pierwszy wydany jako odrębne czasopismo (rocznik)
- W miejsce Polskiej Akademii Nauk, finansowanie wydawnictw PTB przejął Komitet Badań Naukowych
- Dnia 28.11.1992 zawieszona została działalność Sekcji Karpologicznej PTB
1993
- W maju 1993 w Płocicznie odbyło się XII międzynarodowe Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB „Ekologia i taksonomia glonów. Zielone Płuca Polski”
1994
- Walne Zgromadzenie Delegatów w Kielcach uchwaliło nowy Statut PTB oraz Regulamin Medalu im. B. Hryniewieckiego
- Powołano Sekcję Kultur Tkankowych Roślin PTB
- W związku z jubileuszem 70-lecia powstania Polskiego Towarzystwa Botanicznego zorganizowano Zjazd Sekcji Dendrologicznej PTB w Lublinie
- Członkowie Sekcji Lichenologicznej PTB zorganizowali X Zjazd lichenologów polskich
- Zmieniono szatę graficzną stron tytułowych Acta Mycologica i Rocznika Dendrologicznego
- Działająca w obrębie Sekcji Dendrologicznej PTB Grupa Rośliny Wrzosowate wydała 5. numer Rocznika Roślin Wrzosowatych
- We wrześniu 1994 w Olsztynie i Starych Jabłonkach odbyło się XIII Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
1995
- W dniach 26.06–1.07.1995 w Krakowie odbył się jubileuszowy 50. Zjazd PTB pod hasłem „Szata roślinna Polski w procesie przemian”. Było to największe spotkanie botaników w dziejach Towarzystwa (801 uczestników), podczas którego wygłoszono 167 referatów i zaprezentowano 307 posterów. Po raz pierwszy wręczono Medale im. B. Hryniewieckiego, wyróżniając nim 8 naukowców i 2 instytucje. Zjazdowi towarzyszyło XVI Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
- Pobity został kolejny rekord rocznej objętości wydawnictw Towarzystwa, wydając łącznie około 300 arkuszy
- Oficjalne rozwiązano Sekcję Karpologiczną PTB
- Nazwę czasopisma Rocznik Roślin Wrzosowatych zmieniono na Erica , a od numeru 6. jego wydawanie przejęło nasze Towarzystwo
1996
- Ze względów formalnych nazwę czasopisma Erica (taką samą nazwę nosił periodyk wydawany w Czechach) zmieniono na Erica Polonica
- W dniach 10–12.05.1996 w Lublinie, Krasnogrodzie i Zwierzyńcu odbyło się XV Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
- W 1996 roku Towarzystwo liczyło 1339 członków
1997
- W ramach inauguracji obchodów 75-lecia PTB w Warszawie odbyła się sesja jubileuszowa, połączona z wystawą wydawnictw PTB i wystawą fotograficzną pt. „Świat roślin na różnych poziomach organizacji życia widziany oczami botaników” Warszawa, 5.12.1997
- Wydano opracowanie „50 lat Polskiego Towarzystwa Botanicznego na Ziemi Łódzkiej” (oficjalny rok wydania – 1996)
- W maju 1997 we Wdzydzach Kiszewskich odbyło się XVI Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB „Przyczyny i skutki zakwitów sinic i glonów”
1998
- W dniach 15–19.09.1998 w Gdańsku odbył się 51. Zjazd PTB pod hasłem „Botanika polska u progu XXI wieku”. Wzięło w nim udział 788 członków PTB. Na uroczystym otwarciu Zjazdu wręczono medale im. Prof. Hryniewieckiego i im. Prof. W. Szafera. Podczas Walnego Zgromadzenia Delegatów na prezesa Towarzystwa wybrano prof. dr hab. Z. Mirka.
- W tym samym roku zorganizowano 11 ogólnopolskich sesji, sympozjów i konferencji naukowych, w tym:
- „Pogranicze nauk botanicznych i humanistycznych jako obszar inspiracji badawczych” – Warszawa, 26.04.1998 (udział w organizacji: Sekcja Historii Botaniki PTB)
- Seminarium Sekcji Ogrodów Botanicznych i Arboretów w Arboretum w Bolestraszycach – Bolestraszyce, 1.05.1998
- XVII Sympozjum Sekcji Fykologicznej „Glony jako uniwersalne bioindykatory degradacji środowiska przyrodniczego ze szczególnym uwzględnieniem estuarium Odry” – Łukęcin, 7–11.05.1998
- V Europejska konferencja paleobotaniczno-palinologiczna – Kraków, 26–30.06.1998 (udział w organizacji: Sekcja Paleobotaniczna PTB)
- Sympozjum Sekcji Anatomii, Cytologii i Embriologii Roślin PTB – Warszawa, 27.06.1998
- „Plant Transport Systems and Pathogens” – Warszawa, 16.10.1998
- Sesja „Badania środowiska wodnego” – Warszawa, 20.11.1998
- „Możliwości kompleksowej ochrony przyrody w woj. zachodniopomorskim na przykładzie rzeki Drawy” – Szczecin, 15.12.1998
- W związku z brakiem możliwości finansowania, zrezygnowano z wydawania czasopisma Erica Polonica
Pełny tekst sprawozdania z działalności PTB w roku 1998 opublikowano na łamach Wiadomości Botanicznych (43, 3/4: 73–79)
1999
- Zorganizowano 15 ogólnopolskich spotkań naukowych, w tym:
- „Wiosenne seminarium w Arboretum w Przelewicach” zorganizowane przez Sekcję Ogrodów Botanicznych i Arboretów – Przelewice, 22–24.03.1999
- XVIII Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB „Bioróżnorodność flory glonów i sinic jako metoda oceny środowiska wodnego” – Wólka Milanowska, 6–9.05.1999
- Warsztaty „Wprowadzanie skutecznej ochrony torfowisk w Polsce” – Łagów, 23–25.05.1999
- Sympozjum Sekcji Anatomii, Cytologii i Embriologii Roślin – Warszawa, 29.05.1999
- „Rośliny wrzosowate i ich uprawa” – Rogów, 4–5.06.1999 (udział w organizacji: Sekcja Dendrologiczna PTB)
- „Mechanizmy różnicowania i wzrostu komórek” – Katowice, 17.06.1999 (udział w organizacji:Oddział Śląski PTB)
- Konferencja naukowa z okazji 25-lecia utworzenia Zalewu Zemborzyckiego k. Lublina – Lublin, 9–12.09.1999 (udział w organizacji: Sekcja Fykologiczna PTB)
- „Fotosynteza – od DNA do ekosystemu” – Poznań, 28.09.1999 (udział w organizacji: Sekcja Fizjologii i Biochemii Roślin oraz Oddział Poznański PTB)
- „Uprawa roślin wodnych w ogrodach botanicznych” – Poznań, wrzesień 19999 (udział w organizacji: Sekcja Ogrodów Botanicznych i Arboretów PTB)
- XIV Zjazd lichenologów polskich pod hasłem „Różnorodność biologiczna porostów” – Lasy Janowskie, 6–10.10.1999 (udział w organizacji: Sekcja Lichenologiczna i Oddział Lubelski PTB)
- „Rola leśnych kompleksów promocyjnych i rezerwatów biosfery w edukacji ekologicznej oraz wdrażaniu wielofunkcyjnej i zrównoważonej gospodarki leśnej” – Toruń, 07–10.10.1999 (udział w organizacji: Oddział Toruński PTB)
- „Monitoring grzybów – możliwości i ograniczenia” – Bory Tucholskie, 18–20.10.1999 (Sekcja Mikologiczna PTB)
- „Biologia kwitnienia, nektarowania i zapylania roślin” – Lublin, 09–10.11.1999 (udział w organizacji: Oddział Lubelski PTB)
- W 1999 roku Towarzystwo liczyło 1417 członków
Pełny tekst sprawozdania z działalności PTB w roku 1999 opublikowano na łamach Wiadomości Botanicznych w 2000 roku (44, 3/4: 70–77)
2000
- Zorganizowano 18 ogólnopolskich spotkań naukowych:
- Konferencja międzynarodowa „Classification and terminology of mires, International Mire Conservation Group” – Łagów Lubuski, 24–28.03.2000 oraz spotkanie „Wetlands international: Central European Peatland Project, 2nd workshop” – Łagów Lubuski, 28–30.03.2000 (udział w organizacji: Oddział Szczeciński PTB)
- XIX Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB „Ekologia i taksonomia glonów – małżeństwo z rozsądku?” – Tleń, 11–14.05.2000 (udział w organizacji: Oddział Toruński i Oddział Bydgoski PTB)
- Sesja „Rola ogrodów botanicznych w zachowaniu bioróżnorodności roślin”, poświęcona pamięci prof. dr hab. Andrzeja Nespiaka – Wrocław, 11.05.2000 (organizatorzy: Oddział Wrocławski PTB i Polskie Towarzystwo Fitopatologiczne)
- XXXI Zjazd Polskich Ogrodów Botanicznych – Lublin, 24–27.05.2000 (udział w organizacji: Sekcja Ogrodów Botanicznych i Arboretów PTB)
- Konferencja „Bioróżnorodność a synantropizacja zbiorowisk leśnych” – Wirty, 7–9.06.2000 (udział w organizacji: Sekcja Dendrologiczna PTB)
- Interdyscyplinarna konferencja „Przyroda – Nauka – Kultura. Humanistyczny kontekst nauk przyrodniczych u progu XXI wieku” – Kraków, 26–27.06.2000 (organizatorzy: Sekcja Historii Botaniki PTB, Instytut Botaniki i Instytut Geografii Uniwersytetu Jagiellońskiego, Instytut Botaniki PAN w Krakowie)
- Sesja naukowa „Paleobotanika polska na przełomie wieków” poświęcona pamięci prof. Andrzeja Środonia i prof. Marii Łańcuckiej-Środoniowej – Kraków 27–28.06.2000 (organizatorzy: Sekcja Paleobotaniczna PTB i Instytut Botaniki PAN w Krakowie)
- I Toruńskie seminarium ekologiczne „Zmiany a zmienność” – Toruń, 23–25.06.2000 (udział w organizacji: Oddział Toruński PTB)
- Sesja „Rośliny modelowe zmieniane genetycznie” – Poznań, 28.06.2000 (udział w organizacji: Sekcja Fizjologii i Biochemii Roślin oraz Oddział Poznański PTB)
- Konferencja „Rola ogrodów botanicznych we współczesnym świecie” z okazji 75-lecia Ogrodu Botanicznego UAM – Poznań, 7–8.09.2000 (udział w organizacji: Sekcja Ogrodów Botanicznych i Arboretów PTB)
- IX Ogólnopolska konferencja kultur in vitro i biotechnologii roślin „Modyfikacje genomu roślin” – Gdańsk, 10–13.09.2000 (udział w organizacji: Sekcja Kultur Tkankowych PTB)
- XV Zjazd lichenologów polskich pod hasłem „Porosty w służbie człowieka” – Bogumiłów (Bory Dolnośląskie), 13–17.09.2000 (organizatorzy: Sekcja Lichenologiczna PTB i Instytut Botaniki Uniwersytetu Wrocławskiego)
- Konferencja „Inwentaryzacja walorów przyrodniczych i sporządzanie planów ochrony w parkach narodowych i rezerwatach przyrody” – Kudowa Zdrój, 15–18.09.2000 (udział w organizacji: Oddział Wrocławski PTB)
- Międzynarodowa konferencja „Genetic Diversity and Taxonomy of Bryophytes” – Poznań, 11–12.10.2000 (udział w organizacji: Sekcja Briologiczna PTB)
- Ogólnopolskie sympozjum „Problemy fitogeografii i taksonomii roślin” z okazji 70-lecia urodzin prof. dr. hab. Krzysztofa Rostańskiego – Katowice, 16.10.2000 (organizatorzy: Oddział Śląski PTB i Katedra Botaniki Systematycznej Uniwersytetu Śląskiego)
- Sesja z okazji jubileuszu 50-lecia pracy naukowej prof. dr hab. Wandy Truszkowskiej – Wrocław, 30.11.2000 (udział w organizacji: Oddział Wrocławski PTB)
- Uroczysta sesja z okazji jubileuszu 55-lecia Oddziału Lubelskiego – Lublin, 15.12.2000
- W 2000 roku Towarzystwo liczyło 1392 członków
Pełny tekst sprawozdania z działalności PTB w roku 2000 opublikowano na łamach Wiadomości Botanicznych w 2001 roku (45, 3/4: 106–112)
2001
- W dniach 24–28.09.2001 w Poznaniu odbył się 52. Zjazd PTB pod hasłem „Botanika w dobie biologii molekularnej”. Wzięło w nim udział 942 uczestników, w tym 17 gości zagranicznych. Obrady odbywały się w 12 sesjach tematycznych. Wygłoszono 11 referatów podczas obrad plenarnych i sympozjów tematycznych, zaś podczas obrad sekcji PTB przedstawiono 209 referatów i zaprezentowano 487 posterów. Odbyło się 12 sesji terenowych. Podczas Zjazdu zostały wybrane nowe władze PTB na kadencję 2001–2004. Prezesem PTB został ponownie wybrany Prof. Z. Mirek. Zjazdowi towarzyszyło sympozjum „Molekularne podstawy struktury i funkcji komórki roślinnej” (194 uczestników), sympozjum „Edukacja botaniczna na poziomie akademickim” (223 uczestników) oraz XX Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB.
- Ponadto w roku 2001 zorganizowano 15 ogólnopolskich spotkań naukowych:
- Spotkanie Sekcji Historii Botaniki – Kraków, 22.02.2001
- „Recent pollen – vegetation relationships as tool for interpreting palaeodata” – Gdańsk, 26.02.2001 (udział w organizacji: Oddział Gdański i Sekcja Paleobotaniczna PTB)
- 15. spotkanie diatomologów dla uczczenia prof. dr. Horsta Lange-Bertalota – Łukęcin, 22–25.03.2001 (udział w organizacji: Oddział Szczeciński PTB)
- „Hałda jako laboratorium badawcze oddziaływania metali ciężkich na organizmy żywe” – Warszawa, 1.06.2001 (udział w organizacji: Oddział Warszawski PTB)
- II Spotkanie Polskiej Grupy Izopolowej – Kraków, 5.06.2001 (udział w organizacji: Sekcja Paleobotaniczna PTB)
- 32. Zjazd Ogrodów Botanicznych – Bolestraszyce, 7–8.06.2001 (udział w organizacji: Sekcja Ogrodów Botanicznych i Arboretów PTB)
- Sesja terenowa „Osobliwości krajobrazu doliny Bugu i południowego Podlasia” – Podlasie, 8–9.06.2001 (udział w organizacji: Oddział Lubelski PTB)
- „Toruńskie Seminarium Ekologiczne Zaburzenia – Gradienty – Przepływy” – Toruń, 22–24.06.2001 (udział w organizacji: Oddział Toruński PTB)
- Sesja terenowa „Po hałdach pohutniczych cynkowo-ołowiowych, czyli pod kominami…” – Katowice, 2.07.2001 (udział w organizacji: Oddział Śląski i Oddział Warszawski PTB)
- „25th Bog Excursion, North-West Poland, Part I: Wolin Island and Drawa National Park, Part II: Bory Tucholskie i Wielkopolska” – 1–4.09.2001 (udział w organizacji: Oddział Gdański i Sekcja Paleobotaniczna PTB)
- „Biologia kwitnienia, nektarowania i zapylania roślin” – Lublin, 13–14.11.2001 (udział w organizacji: Oddział Lubelski PTB)
- „Paleobotanika Czwartorzędu w Polsce na progu XXI wieku – teraźniejszość i przyszłość” – Warszawa, 16.11.2001 (udział w organizacji: Sekcja Paleobotaniczna PTB)
- Uroczyste posiedzenie z okazji 80-lecia urodzin prof. dr hab. J. Wilkoń-Michalskiej – Toruń, 1.12.2001 (organizator: Oddział Toruński PTB)
- „Tajemnice ziarna pyłku” – Warszawa, 1.12.2001 (udział w organizacji: Sekcja Anatomii, Cytologii i Embriologii Roślin oraz Oddział Warszawski PTB)
- „Aktualne kierunki i perspektywy badań w geobotanice na progu trzeciego tysiąclecia” – Łódź, 6–7.12.2001 (udział w organizacji: Oddział Łódzki PTB)
- W roku 2001 Towarzystwo liczyło 1430 członków
Pełny tekst sprawozdania z działalności PTB w roku 2001 opublikowano na łamach Wiadomości Botanicznych w 2002 roku (46, 3/4: 79–88)