1982
- Wprowadzenie w Polsce stanu wojennego w dniu 13.12.1981 spowodowało zawieszenie do marca 1983 działalności wszystkich towarzystw w naszym kraju, w tym również PTB. Jedynie Oddział Krakowski, zorganizował 22 posiedzenia referatowe (na podstawie każdorazowo uzyskiwanych zezwoleń).
- W okresie stanu wojennego zawieszono działalność wydawniczą Towarzystwa, co spowodowało powstanie dużych zaległości w wydawaniu wszystkich czasopism PTB
- Z powodu stanu wojennego odwołano mający się odbyć w Warszawie III Kongres Federation of European Societies of Plant Physiology
1983
- Odbył się Zjazd Towarzystwa we Wrocławiu
- Powołano Sekcję Historii Botaniki i Sekcję Lichenologiczną PTB
- Sekcja Paleobotaniczna PTB weszła w skład International Commission for Palynology
- W związku z inflacją uchwalono znaczną podwyżkę wysokości składek członkowskich – z 72 na 540 zł (wysokość składki dla członków zwyczajnych wraz z obowiązkową prenumeratą Wiadomości Botanicznych)
- Oddział Łódzki PTB rozpoczęło organizowanie dla szkół corocznych konkursów dendrologicznych „Znam drzewa i krzewy”
1984
- Ustanowiono Medal im. prof. Władysława Szafera, przyznawany autorom najwybitniejsze prac z dziedziny botaniki
- W obrębie Sekcji Dendrologicznej PTB powołano Grupę Rośliny Wrzosowate
- W czerwcu 1984 w Iławie odbyło się III Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
- W roku 1984 Towarzystwo liczyło 959 członków zwyczajnych (ogólna liczba członków krajowych – 1254)
1985
- Liczba pozycji katalogowych zgromadzonych w księgozbiorze Biblioteki PTB przekroczyła 37 000
- W dniach 16–17.05.1985 w Gołyszu odbyło się IV Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
1986
- W dniach 3–6.09.1986 w Łodzi odbył się 47. Zjazd PTB pod hasłem „Zasoby genowe roślin, perspektywy badawcze, wykorzystanie i ochrona”
- W dniach 8–11.05.1986 w Charzykowie odbyło się V Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
1987
- Dzięki inicjatywie Zarządu Głównego PTB umożliwiono około 50 członkom Towarzystwa wzięcie udziału w XIV Międzynarodowym kongresie botanicznym w Berlinie oraz organizowano w Polsce 3 pokongresowe sesje terenowe
- W maju 1987 w Jastarni odbyło się VI Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
1988
- W dniach 12–15.05.1988 nad jeziorem Piaseczno (Pojezierze Łęczyńsko-Włodawskie) odbyło się VII Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
1989
- W dniach 5–9.09.1989 w Katowicach odbył się 48. Zjazd PTB pod hasłem „Roślina a środowisko”
- Likwidacja Biura Wydawnictw i Rozpowszechniania Nauki PAN spowodowała dodatkowe problemy w działalności wydawniczej Towarzystwa
- W dniach 25–28.05.1989 nad jeziorem Wigry odbyło się VIII Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
1990
- Ukazał się pierwszy zeszyt Rocznika Roślin Wrzosowatych
- Odbyło się IX Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB
1991
- Czasopismo Wiadomości Botaniczne uzyskało nową szatę graficzną
- Podjęto decyzję o wydzieleniu w osobne czasopismo Biuletynu Ogrodów Botanicznych i Arboretów (dotychczas Biuletyn stanowił dział Wiadomości Botanicznych, a wcześniej był częścią periodyku Acta Societatis Botanicorum Poloniae)
- W Bukownie na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej odbyło się X Sympozjum Sekcji Fykologicznej PTB