1940–1944
- Podczas II wojny światowej nastąpiła przerwa w działalności PTB
1945
- W dniu 26.04.1945 odbyło się posiedzenie członków Oddziału Krakowskiego PTB, inaugurujące powojenne życie Towarzystwa
- W dniach 29–30.09.1945 w ocalałym gmachu Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie odbył się pierwszy powojenny Zjazd PTB
- Powołano Oddział Łódzki i Oddział Lubelski PTB
1946
- Odbył się Zjazd PTB w Lublinie
- Zatwierdzono ponownie obowiązujący przed wojną Statut Towarzystwa. Na wniosek członków Oddziału Krakowskiego PTB w dokumencie tym wprowadzono zmianę w paragrafie dotyczącym znaku Towarzystwa. Zamiast wizerunku Carlina acaulis zaproponowano podobiznę Carlina onopordifolia
- Ukazał się pierwszy powojenny numer czasopisma Acta Societatis Botanicorum Poloniae
- Powołano Oddział Wrocławski PTB
1947
- Odbył się Zjazd PTB w Krakowie
- Powołano Oddział Toruński PTB
- W czasopiśmie Acta Societatis Botanicorum Poloniae opublikowano pierwszy po II wojnie światowej spis członków PTB
- Zubożała w wyniku wojny Biblioteka PTB wznowiła swą działalność w przedwojennej siedzibie w gmachu Szkoły Głównej Uniwersytetu Warszawskiego (Warszawa, ul. Krakowskie Przedmieście 26/28)
1948
- Odbył się Zjazd PTB w Toruniu
- Walne Zgromadzenie Delegatów PTB zwróciło się do organizatorów Kongresu Botaników w Sztokholmie z wnioskiem o wykluczenie z listy członków Kongresu tych Niemców, którzy zhańbili się swoją działalnością podczas II wojny światowej. Przesłano również listę polskich botaników wymordowanych przez hitlerowców
1949
- Odbył się Zjazd PTB w Łodzi
- Na wniosek prof. A. Paszewskiego przyjął się zwyczaj zapraszania prelegentów z innych oddziałów Towarzystwa
1950
- Odbył się Zjazd PTB we Wrocławiu
- Na wniosek prof. S. Kulczyńskiego wprowadzono problemową tematykę Zjazdów Towarzystwa
- Na skutek decyzji władz komunistycznych, do PTB zostało włączone Polskie Towarzystwo Dendrologiczne
- Uchwalono zmiany w Statucie PTB, zezwalające m. in. na tworzenie specjalistycznych sekcji
1951
- Odbył się Zjazd PTB w Poznaniu
- Członkowie włączonego w poprzednim roku do PTB Polskiego Towarzystwa Dendrologicznego powołują Sekcję Dendrologiczną PTB
- Sekcja Dendrologiczna PTB wznowiła wydawanie czasopisma Rocznik Dendrologiczny pod zmienionym tytułem Rocznik Sekcji Dendrologicznej Polskiego Towarzystwa Botanicznego
- Powołano Sekcję Ekologii i Socjologii Roślin PTB
- Polska Akademia Nauk przejmuje nadzór nad towarzystwami naukowymi w Polsce, nadzorując również PTB
- Członkowie Towarzystwa wzięli udział w I Kongresie nauki polskiej
